Esta película empieza con la luna de miel de los recién casados. Luego de pasar unas lindas vacaciones, vuelve a la casa que estaba siendo cuidada por burro. Después llegan unos hombres de un reino llamado Muy Muy Lejano, los cuales buscaban a la princesa Fiona y a su esposo Shrek. Los reyes de este reino eran los papás de Fiona y los habían ido a llamar así Shrek conocía a sus suegros.
Empiezan el viaje en una cebolla gigante llevada por caballos ciegos. Este se hace largo y sufrido para Shrek porque burro no se callaba y esto le irritaba. Al llegar se bajan de la carroza de cebolla y todo el pueblo e incluidos los padres de Fiona se decepcionan al ver qué son dos ogros. El padre de Fiona se enoja y Shrek se arrepiente de haber ido. Ya en la cena, Shrek y Harold, el padre de Fiona, empiezan a discutir y dejan a Fiona llorando en su cuarto por como se tratan.
Shrek se da cuenta que estuvo mal, empieza a ver el cuarto de Fiona de cuando era chica y ve que ella realmente estaba esperando a un príncipe, no a un ogro. Shrek se decepciona, justo en ese momento Harold toca la puerta para pedirle perdón a Shrek y le pide de ir a jugar al golf al otro día. Al otro día, Shrek y burro se pierden en los jardines del Castillo y luego de un rato encuentran a un gato con una espada.
Este había sido contratado por Harold para que mate a Shrek, lo hizo por el trato que había hecho con el Hada Madrina de los cuentos, le había prometido que su hijo se iba a casar con Fiona. Al ver qué esto no iba a poder ser, el Hada Madrina le dijo a Harold que se deshaga del ogro.
Shrek y burro terminan agarrando al gato pero le perdonan la vida, por eso el gato les dice que los va a acompañar y le debe un favor a Shrek. De ahí van para el lugar donde el Hada Madrina hace sus pócimas. Luego de varias escenas de acción terminan robando una pocima para que el que la beba sea feliz por un dia, transformandose en lo que mas quiere, en este caso shrek queria ser humano para que no lo desprecien, y si el que la bebe da el beso de amor verdadero antes de medianoche, queda asi para siempre. Ademas como shrek la tomó, Fiona tambien se convierte.
El hada madrina, al enterarse de esto aprovecha y le tiende una trampa a Shrek, encerrándolo en un cuarto del castillo de los padres de Fiona, y le hacen creer a esta que el príncipe encantador, el hijo del hada, que es Shrek humano.
Esa misma noche era la fiesta de casamiento de Shrek y Fiona, por eso El Hada Madrina le da una pócima a Harold para que Fiona se la tome, el efecto de esta es que la esposa de Shrek se iba a enamorar perdidamente del primer hombre que bese, este iba a ser el principe encantador porque le habian hecho creer que era Shrek.
Por otro lado, habian atrapado a Shrek y lo metieron preso. Sus amigos, la galletita de jengibre, pinocho, etc. van a rescatarlos, y terminan lograndolo. Van a los del cocinero que creo a jengi, la galletita, para hacer otra de estas pero enorme. Ya creado, empiezan a entrar todos al castillo, pero uno a uno se van quedando atrás para parar a los guardias, hasta que quedan Shrek y burro, que también había tomado la pócima y se convirtió en caballo. Fiona por su parte, le parecía sospechoso porque el principe actuaba como alguien de la nobleza, no como un ogro, por eso hizo tiempo. Shrek llega justo a tiempo para cortar el beso del principe con Fiona, esta lo aleja, pero el Hada le avisa que se tomo la pocima y que tenia que besarla, este lo hace pero resulta que Harold no le había dado la pócima. Esta le pega una cachetada, y terminan venciendo. Pero antes de esto, El Hada Madrina le tira un hechizo mortal a Shrek pero Harold se lanza al tiro y lo salva. Este desaparece y solo queda su ropa, y dentro de esta apareció un sapo. Resulta que Harold antes era un sapo y le pidio al Hada Madrina que le de la misma pócima que tomo Shrek para enamorar a su futura esposa y ser rey.
A todo esto, el tiro reboto en la armadura de Harold y mato al Hada Madrina. Shrek y Fiona terminan decidiendo seguir siendo ogros.